O congreso de ENCIGA ten unha periodicidade anual e desenvólvese durante tres días, de xoves a sábado, do mes de novembro (agás o segundo congreso que foi en outubro) en vilas e cidades galegas. Durante o congreso teñen lugar tres conferencias plenarias, unha por día de congreso, comunicacións, obradoiros, táboas redondas, exposicións e carteis. A mañá dos venres adícase a excursións e visitas guiadas a lugares ou empresas da zona de interese turístico ou científico.
A organización do congreso corre a cargo dun comité organizador formado pola directiva da asociación e un número variábel de profesores dun centro educativo da localidade onde ten lugar. Dito centro é a sede da maioría das actividades do congreso. Esta norma só se viu alterada no vixésimo congreso onde a organización correu a cargo da directiva do momento, realizándose as actividades nun hotel de Sanxenxo.
A sede vai rotando entre as catro provincias. Só nunha ocasión, e grazas ao interese da directiva do momento por cumprimentar aos socios portugueses da Asociación, o congreso tivo lugar en Portugal, concretamente en Póvoa de Varzim no 2006.
O Boletín das Ciencias é a revista da sociedade. A súa tirada é variábel, sendo o máis habitual que saian tres ou catro números anuais. O do mes de novembro é un número especial que recolle todas as actividades que se desenvolven no congreso anual.
Co gallo da catástrofe do Prestige iniciouse unha serie de números monográficos sobre temas polémicos ou de actualidade, sempre desde unha visión científica e didáctica.