Instituto Suízo de Bioinformática

O edificio Génopode da Universidade de Lausana alberga o Centro para a Xenómica Integrativa da Universidade de Lausana e a administración central do Instituto Suízo de Bioinformática.

O Instituto Suízo de Bioinformática, moi coñecido polas súas siglas en inglés SIB (de Swiss Institute of Bioinformatics) é unha fundación académica sen ánimo de lucro que federa as actividades bioinformáticas de Suíza, cuxos servizos son moi utilizados internacionalmente.

O instituto foi creado o 30 de marzo de 1998 e a súa misión é fornecer recursos bioinformáticos básicos á comunidade de investigadores das ciencias da vida nacional e internacional en campos como a xenómica, proteómica e bioloxía de sistemas e tamén liderar e coordinar o campo da bioinformática en Suíza. En concreto, promove a investigación, desenvolve bases de datos e tecnoloxías de computación, e está implicado en actividades de ensinanza e servizos.

Historia

O Instituto foi creado orixinalmente para proporcionar un marco para o financiamento estable a longo prazo da base de datos Swiss-Prot e o nodo Swiss EMBnet. Isto debeuse a que Swiss-Prot sufriu unha importante crise de financiamento en 1996,^[1] que fixo que os líderes dos cinco grupos de investigación activos en bioinformática en Xenebra e Lausana, Ron Appel, Amos Bairoch, Philipp Bucher, Victor Jongeneel Manuel Peitsch creasen o SIB.^[2] Unha vez creado, o Instituto puido despois solicitar financiamento segundo as leis suízas que permiten que o goberno achegue ata un 50% dos gastos en infraestruturas de investigación e ensinanza vitais.^[3]

O primeiro director do Instituto foi Victor Jongeneel, seguido de Ernest Feytmans entre 2001 e 2007. Desde o 1 de outubro de 2007, O Instituto está dirixido por Ron Appel, un dos seus membros fundadores.^[4]^[5]

Organización

O SIB é unha federación de grupos de investigación con bioinformáticos afiliados a institucións socias do SIB: as universidades de Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich, os Institutos Federais de Tecnoloxía en Lausana e Zürich, o Instituto Friedrich Miescher para a Investigación Biomédica, e a Escola de Xenebra de Administración de Empresas (HEG). Os grupos actuais de investigación do SIB están localizados en Basilea, Berna, Friburgo, Xenebra, Lausana, Lugano e Zürich.

O SIB federa 52 servizos de investigación e grupos de infraestruturas, que reúnen un total de 650 científicos en campos tan variados como a proteómica, transcritómica, xenómica, bioloxía de sistemas, bioinformática estrutural, bioinformática evolutiva, modelización, obtención de imaxes, biofísica, xenética de poboacións e bioinformática clínica. O SIB organiza unha xuntanza científica anual denominada [BC]2 Basel Computational Biology Conference.

Recursos bioinformáticos básicos

O Instituto ofrece unha ampla variedade de recursos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida, a maioría dos cales son accesibles por medio de ExPASy, o portal de recursos bioinformáticos do SIB. Entre estes recursos están:

Bases de datos

O SIB desenvolve e mantén bases de datos de categoría internacional, como UniProtKB/Swiss-Prot (base de datos de secuencias de proteínas curada que ten un alto nivel de anotación), neXtProt (plataforma de coñecementos de proteínas centrada en humanos), o repositorio SWISS-MODEL (modelos de estrturas de proteínas tridimensionais), STRING (redes de interaccións de proteínas para bioloxía de sistemas), SwissRegulon (redes regulatorias da transcrición de todo o xenoma), Eukaryotic Promoter Database (EPD), SWISS-2DPAGE (base de datos de electroforese en xel bidimensional), WORLD-2DPAGE Repository (repositorio de xeles bidimensionais), mirz (atlas de expresión dos ARN pequenos), CLIPZ (bases de datos de sitios de unión de proteínas que se unen ao ARN), PROSITE (familias e dominios proteicos), MyHits (secuencias e motivos de proteínas), CleanEx (datos de expresión xénica), Bgee (base de datos para recuperar e comparar os patróns da exresión de xenes entre especies animais), OpenFlu (bases de datos de virus da influenza animais e humanos), ViralZone (portal para entradas de UniProtKB virais), GlycoSuiteDB (base de datos de glicanos), SugarBindDB (base de datos de unión a azucres de patóxenos ou Pathogen Sugar-Binding Database), OrthoDB (o catálogo xerárquico de ortólogos eucariotas), miROrtho (o catálogo de xenes animais de microARN), e ImmunoDB (xenes inmunorrelacionados de insectos e familias de xenes).

Ferramentas informáticas

O SIB desenvolve e subministra programas informáticos para a comunidade de investigadores de ciencias da vida global, como SWISS-MODEL (modelización de homoloxías na estrutura das proteínas), SwissDock/EADock (atraque de ligandos), ISA (ferramenta de bi-agrupamento integrativo), PPA (modularización acoplada de varios conxuntos de datos), Melanie (plataforma de análise de xeles bidimensionais), MSight (software para imaxes LC-MS e análise para espectrometría de masas), OMA (matriz de ortoloxía), DeepView/Swiss-PdbViewer (visualizacion de proteínas, modelización e análise), e utilidades Newick (procesamento de árbores filoxenéticas de alto rendemento).

Servizos básicos

O SIB xestiona varios servizos básicos bioinformáticos que proporcionan apoio estatístico e informático, e tamén servizos e consellos para os científicos das ciencias da vida, o que lles permite realizar os seus proxectos de investigación e analizar os datos resultantes. Hai servizos básicos para investigación en xenómica, transcritómica e proteómica. O SIB tamén mantén o centro de computación de alto rendemento Vital-IT, que proporciona recursos computacionais, apoio ao desenvolvemento e consulta para a comunidade de ciencias da vida suíza tanto académica coma industrial. A infraestrutur Vital-IT está distribuída en tres localizacións: Universidade de Lausana, EPFL e Universidade de Xenebra. Tamén se fornecen recursos de computación e expertos bioinformáticos na área de Basilea por medio de sciCORE [BC]2, o Centro de Bioloxía Computacional de Basilea.

Educación e adestramento

Unha das prioridades do SIB é promover e coordinar a educación en bioinformática. Os membros do SIB están, directa ou indirectamente, implicados en varios cursos de bioinformática en todos os niveis educativos, desde bacharelato a estudos universitarios e de posgrao, e no adestramento especializado de científicos do eido das ciencias da vida. O SIB promove tamén unha rede de adestramento de doutoramento en bioinformática, que está aberto a estudantes graduados en escolas suízas de educación superior. Os obxectivos desta rede son dous:

Ofrecer aos estudantes graduados en bioinformática un conxunto de cursos avanzados que lles proporcionen os coñecementos teóricos e prácticos necesarios para traballar nun proxecto de investigación de doutoramento exitoso en bioinformática.
Fomentar o desenvolvemento dunha rede de estudantes de doutoramento e promover o intercambio de ideas, e tamén a mobilidade dos estudantes entre as institucións participantes.

Ciencia popular

O SIB está tamén implicado nun esforzo para traer a informática ao público leigo. Comprender a crecente importancia desta ciencia relativamente recente na sociedade de hoxe é algo fundamental. Nun futuro non moi distante, os pacientes recibirán resultados directamente xerados por métodos bioinformáticos. Desde o ano 2000, para aumentar o interese público, o SIB participou en numerosas feiras da ciencia, creou dúas revistas en liña,^[6]^[7] e exposicións de portas abertas e, en 2012, unha exhibición virtual.^[8]

Notas

↑ SWISS-PROT funding crisis of 1996 Arquivado 14 de xuño de 2010 en Wayback Machine., on the website of the Swiss-Prot database. Last accessed 15 October 2007.
↑ Bairoch Amos (2000). "Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!". Bioinformatics 16 (1): 48–64. PMID 10812477. doi:10.1093/bioinformatics/16.1.48. Arquivado dende o orixinal o 07 de abril de 2005. Consultado o 10 de outubro de 2015. — a historical account by Bairoch.
↑ Bundesgesetz über die Forschung (FG) / Loi fédérale sur la recherche (LR) of 7 October 1983, SR/RS 420.1 (D·F·I), art. 16 (D·F·I), al. 3b,c.[1]
↑ Management Arquivado 10 de decembro de 2010 en Wayback Machine., on the web site of the institute.
↑ "Prof. Ron D. Appel is appointed as new Director of the Swiss Institute of Bioinformatics". Proteomics (en inglés) 7 (24): 4413–4413. 2007-12. doi:10.1002/pmic.200790099.
↑ Protein Spotlight, on the ExPASy server.
↑ Prolune, on the ExPASy server.
↑ Chromosome Walk, the SIB virtual exhibition.

Véxase tamén

Outros artigos

Ligazóns externas

[1] SWISS-PROT funding crisis of 1996 Arquivado 14 de xuño de 2010 en Wayback Machine., on the website of the Swiss-Prot database. Last accessed 15 October 2007.

[Bairoch2000-2] Bairoch Amos (2000). "Serendipity in bioinformatics, the tribulations of a Swiss bioinformatician through exciting times!". Bioinformatics 16 (1): 48–64. PMID 10812477. doi:10.1093/bioinformatics/16.1.48. Arquivado dende o orixinal o 07 de abril de 2005. Consultado o 10 de outubro de 2015. — a historical account by Bairoch.

[3] Bundesgesetz über die Forschung (FG) / Loi fédérale sur la recherche (LR) of 7 October 1983, SR/RS 420.1 (D·F·I), art. 16 (D·F·I), al. 3b,c.[1]

[4] Management Arquivado 10 de decembro de 2010 en Wayback Machine., on the web site of the institute.

[5] "Prof. Ron D. Appel is appointed as new Director of the Swiss Institute of Bioinformatics". Proteomics (en inglés) 7 (24): 4413–4413. 2007-12. doi:10.1002/pmic.200790099.

[6] Protein Spotlight, on the ExPASy server.

[7] Prolune, on the ExPASy server.

[8] Chromosome Walk, the SIB virtual exhibition.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]