PROSITE

PROSITE é unha base de datos de proteínas.^[1]^[2] Consta de entradas que describen as familias proteicas, dominios e sitios funcionais e tamén os patróns de aminoácidos e perfís que hai nelas. Están revisados manualmente por un equipo do Instituto Suízo de Bioinformática e moi integrados coa anotación de proteínas de Swiss-Prot. PROSITE creouna en 1988 Amos Bairoch, que dirixiu este grupo durante máis de 20 anos. Desde xullo de 2009, o director dos grupos PROSITE, Swiss-Prot e Vital-IT é Ioannis Xenarios.

Entre os usos de PROSITE está a identificación de posibles funcións de novas proteínas descubertas e a análise de proteínas coñecidas para examinar actividades previamente indeterminadas. As propiedades de xenes ben estudados poden aplicarse a organismos bioloxicamente relacionados, e para xenes diferentes ou mal colecidos poden predicirse as funcións bioquímicas a partir das semellanzas. PROSITE ofrece ferramentas para a análise de secuencia de proteínas e detección de motivos (motivo de secuencia e patróns PROSITE). Forma parte dos servidores de análise proteómica ExPASy.

A base de datos ProRule constrúe as descricións de dominios proteicos de PROSITE.^[3] Proporciona información adicional sobre os aminoácidos funcional ou estruturalmente críticos. As regras conteñen información sobre residuos significativos bioloxicamente, como sitios activos, sitios de unión de substratos ou cofactores, sitios de modificación postraducional ou pontes disulfuro, para axudar a determinar a función da proteína. Estes poden xerar automaticamente a anotación baseada en motivos PROSITE.

En agosto de 2012, a edición 20.85 tiña 1650 entradas de documentación, 1308 patróns, 1039 perfís, e 1041 ProRules.

Notas

↑ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins". Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–365. PMC 1538847. PMID 16845026. doi:10.1093/nar/gkl124.
↑ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "The 20 years of PROSITE". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D245–9. PMC 2238851. PMID 18003654. doi:10.1093/nar/gkm977.
↑ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles". Bioinformatics. 21 (21): 4060–4066. PMID 16091411. doi:10.1093/bioinformatics/bti614.

Véxase tamén

Outros artigos

UniProt: unha base de datos de proteínas, e fonte central da información de proteínas ; PROSITE engade datos a ela.
InterPro: unha base de datos centralizada, que agrupa datos de bases de datos de familias de proteínas, dominios e sitios funcionais; parte dos datos proceden de PROSITE.
Predición da localización subcelular de proteínas: outro exemplo do uso de PROSITE.

Ligazóns externas

Páxina web oficial
ProRule — base de datos de regras baseadas en preditores PROSITE

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). "ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins". Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–365. PMC 1538847. PMID 16845026. doi:10.1093/nar/gkl124.

[Hulo2007-2] Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). "The 20 years of PROSITE". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D245–9. PMC 2238851. PMID 18003654. doi:10.1093/nar/gkm977.

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). "ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles". Bioinformatics. 21 (21): 4060–4066. PMID 16091411. doi:10.1093/bioinformatics/bti614.

[1]

[2]

[3]