O mar de Halmahera é un mar rexional situado na parte centro oriental do mar Mediterráneo Australasiano. Está centrado ao redor de 1°S e 129° E e está rodeado polo océano Pacífico ao norte, Halmahera ao Oeste, Waigeo e Irian Jaya ao leste e o Mar de Ceram ao sur. Abarca uns 95.000 km² e a súa topografía comprende varias concas oceánicas separadas e cristas, a principal das cales é a fosa de Halmahera alcanzando unha profundidade de 2039 m.
No norte Unha liña desde Wajaboela (Morotai) ata Tg. Djodjefa, o punto norte de Halmahera.
No leste. Unha liña desde Tg. Gorango, a punta nororiental da illa de Morotai, a través das illas Sajang e Kawé ata aos extremos occidentais das illas de Waigeo e Batanta a traves do punto noroeste da illa Samawati, descendendo pola costa ata Tg. Menonket o seu punto suroeste, e desde aí ata Tg. Sele, Nova Guinea (1°26′S 130°56′L / -1.433, -130.933).
No sur. O límite norte do Mar de Ceram entre Obira e Nova Guinea. [Unha liña desde ... Obira ... Tanjong Seranmaloleo o seu extremo oriental, desde alí a través das illas Tobalai, Kekek, Pisang e Kofiau ata Tanjong Sele (1°26′S 130°55′L / -1.433, -130.917), o punto occidental de Nova Guinea].
Occidente. O límite meridional do Mar das Molucas e Halmahera e Obira.[ Unha liña desde o extremo sur de Halmahera ata o punto norte da illa Bisa (Setile), e desde alí ao extremo norte de Obira].
